Las primeras referencias sobre la zona de El Saler datan de la época de Jaime I de Aragón concretamente del privilegio otorgado en Morella en 1250 por el cual el monarca se reservaba para sí y su familia los ingresos provenientes de la producción de la sal, además de regular su venta, circulación y precio. Se sabe, además, que durante la conquista de Valencia acamparon en esta zona los soldados provenientes de Tortosa. En recuerdo de la conquista los mismos soldados erigieron una cruz de piedra, que se conoció como la Creu de la Conca y que se situaba unos 2 km al norte de El Saler.
La condición de patrimonio real impidió hasta el siglo XIX la explotación en masa de las riquezas forestales y faunísticas de la Dehesa así como cualquier tipo de asentamiento estable en la zona.
Sin embargo, en el dibujo de la Albufera que realizó Anton van der Wyngaerde en 1563 aparecen una serie de barracas emplazadas al borde del lago en la actual localización de El Saler. Con todo, la protección de la Dehesa fue muy estricta, limitándose e incluso prohibiéndose la roturación de tierras así como la poda o aprovechamiento de las ramas, que se reservaban únicamente a los usos de las barracas de El Saler y El Palmar previo permiso del Intendente.
En 1761 ya aparece reflejado el nombre de El Saler en la cartografía de la Albufera de Valencia realizada por Bautista Romero y en 1795 Cavanilles describió la sus alrededores así:
A dos leguas de la capital hacia el mediodía empieza la Dehesa: el camino es sumamente agradable por más de una legua, reduciéndose a preciosas huertas que cultivan en gran parte los vecinos de Russafa: síguense campos de arroz y luego eriales, compuestos casi enteramente de arena.
Observaciones sobre la Historia Natural, Geografía, Agricultura, Población y Frutos del Reino de Valencia.
En la década de 1820 el núcleo pasó a depender del extinto municipio de Ruzafa, perteneciéndole hasta la anexión de éste al de Valencia en 1877. En 1855 El Saler contaba con 39 vecinos (unos 150 hab.) y sólo una taberna como todo establecimiento comercial. En 1871 contaba con 70 habitantes y 17 casas en las que los cabezas de familia eran pescadores en 13 casos, guardabosques en 3 y jornalero en uno. Hasta mediados del siglo XIX las aguas de la Albufera llegaban junto al caserío, aunque actualmente el área se halla convertida en campos de arroz regados mediante inundación. Existe, no obstante, un canal que une el antiguo embarcadero con el lago actual.
El siglo XX significó mucho para la Dehesa. En 1911 el rey Alfonso XIII cede al Ayuntamiento de Valencia el lago de la Albufera y el monte de la Dehesa. Poco después, el Ayuntamiento adquiere ambos bienes por un importe de 1.062.980,40 pesetas.
A principio de los sesenta se redacta el Plan para la urbanización de la Dehesa de la Albufera (TEVASA). En octubre de 1962, el Ayuntamiento cede gratuitamente al Ministerio de Información y Turismo terrenos del monte de la Dehesa para la construcción de un campo de golf y un Parador de Turismo. El 8 de mayo de 1964 el Ayuntamiento presenta el Plan de Ordenación de El Saler, tras ser aprobado por el Ministerio de la Vivienda en 1967 se adjudican las obras del proyecto. La movilización ciudadana impide que este se lleve a cabo en su totalidad y el Ayuntamiento, forzado por la gran presión popular, paraliza las obras y reestructura el plan. En 1980 se aprueba la suspensión de licencias de obra y se recuperan parcelas vendidas en su momento. Posteriormente, el 28 de julio de 1986 se declara Parque Natural, siendo anulada esta declaración por el Tribunal Supremo y concedida de nuevo en el Decreto 71/1993 con fecha 31 de mayo.